Negara dalam membiayai pengeluarannya memungut pajak dari penduduk dan mengumpulkan pendapatan negara dari pengelolaan sumber daya alam serta pendapatan lainnya. Pendapatan dan belanja itu disusun dalam bentuk Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) lalu disahkan menjadi Undang-Undang oleh DPR. Pemerintah tidak bisa sembarangan mengumpulan pendapatan dari penduduk dan tidak dapat pula belanja semaunya kecuali telah ditetapkan pada APBN. Ketika menyusun APBN diperhitungkan pula pendapatan negara dari pajak dari setiap belanja kepada rekanan Bendahara Pemerintah.
Ketika Bendahara belanja uang negara, maka sistem self assessment yaitu Wajib Pajak (WP) menghitung, menyetorkan, dan melaporkan kewajiban pajaknya sendiri tidak sepenuhya berlaku. Dalam hal ini, Bendahara wajib memotong, menyetorkan, dan melaporkan pajak pihak lain (withholding tax) WP rekanan pengadaan barang dan atau jasa. Negara tidak ingin kehilangan potensi pajak dari setiap transaksi belanjanya, dengan mewajibkan kepada Bendahara untuk memotong atau memungut pajak lebih dahulu dari WP atas transaksi dengan batas tertentu.
Pajak-pajak yang telah dipotong atau dipungut Bendahara merupakan pajak dibayar di muka (advance payment), kredit pajak bagi WP rekanan atau merupakan pemungutan pajak final yang tidak perlu dihitung dan disetor sendiri pajaknya oleh WP rekanan. Bendahara juga diwajibkan mengenakan sanksi yaitu memotong atau memungut pajak hingga 100% lebih tinggi, apabila rekanan tidak mempunyai Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP). Sanksi tersebut memberikan himbauan secara tidak langsung agar Bendahara dalam belanja uang negara (uang pajak) ‘hanyalah’ kepada WP yang ‘taat pajak’ (punya NPWP). Ketika Bendahara telah memotong atau memungut pajak, maka aturan perpajakan yang berlaku kepada WP berlaku juga bagi Bendahara.
Ada aturan pelaksanaan khusus bagi Bendahara apabila belanja dengan batasan tertentu (satu juta rupiah) harus memungut Pajak Pertambahan Nilai (PPN) — KMK-563/KMK.03/2003, 24/12/2003. Apabila Bendahara belanja kepada WP rekanan yang belum punya ijin memungut PPN (belum dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP)) karena alasan tertentu tetap wajib memungut PPN. Hal ini berbeda jika WP selain Bendahara belanja dengan uang sendiri kepada WP yang belum PKP, PPN dikenakan setelah memenuhi syarat subjektif dan objektif, yaitu penjualnya PKP dan barang/jasa objek PPN. Dengan demikian nilai transaksi berapa pun tidak ada PPN-nya, apabila penjual bukan PKP, pembeli bukan Bendahara.
Pada dasarnya pajak apa pun yang dipungut atau dipotong oleh Bendahara tidak akan menaikkan harga jual barang dan atau jasa dari WP rekanan karena pajak tersebut merupakan pajak dibayar di muka yang dapat dikurangkan dari perhitungan pajak yang harus dibayar keseluruhan dalam sebulan atau setahun. Seharusnya WP rekanan menjual barang kepada Bendahara maupun non Bendahara dengan harga jual yang sama. Di dalam harga jual termasuk PPN ada keuntungan yang di dalam keuntungan ada pajak yang harus dibayar, hanya saja ketika pembelinya Bendahara akan dibayar di muka.
Aturan Pemotongan atau Pemungutan Pajak Dana BOS, unduh di ikon Download bawah ini Unduh Gratis
PMK 154 tahun 2010 Petunjuk Pemungutan PPh Pasal 22 Unduh Gratis
PMK 244 Jenis jasa objek PPh pasal 23 Unduh Gratis